Коноха

Трое саннинов после нескольких лет на фронте кровопролитной войны со страной Дождя вернулись в Коноху, где на это время всем заправляет Третий Хокаге. Сарутоби стар и понимает, что пора искать приемника, селение охватывает политическая интрига. Основные кандидатуры – молодой, подающий надежду джонин Минато и талантливый амбициозный Орочимару. Последний, чтобы повысить свои шансы, берёт в ученики Анко, в то время как у Минато уже давно есть свои подопечные: Какаши, Обито и Рин. Однако грядущий выбор совету приходится отложить из-за внезапного нападения Камня, который решил воспользоваться тем, что страна ослаблена недавней войной.

Кири

Близится экзамен на чунина, в селение приезжают молодые команды со своими сенсеями. Фаворитом мероприятия называют генина из Конохи, однако перед первым испытанием происходит стычка, в которой никому не известный до сих пор кириец Момочи Забуза убивает парня. К всеобщаму возмущению гостей, законы селения допускают такой поворот событий. Забузу не дисквалифицируют, и экзамен продолжается.

Суна

Скандал и неразбириха, связанные с исчезновением третьего Казекаге из Песков, утряслись, но не смотря на все старания консулов и дайме, информация просочилась за пределы страны. Это подорвало авторитет Ветра на мировой арене, и даже избрание нового Каге не остановило неминуемого кризиса. Место лидера теперь принадлежало стране Огня, холодная война между двумя великими державами набрала новые обороты. Старая Чие видит только один выход из ситуации, и решает поделиться им со всем Советом.

Ива

Страна Земли заключает тайный договор со своими стратегическими союзниками, Кусагакуре, в котором последние обязуются дать их войскам свободный проход к Конохе. Группы шиноби подтягиваются к границе, а параллельно с наступлением, Тсучикаге посылает вперёд разведывательную команду для работы под прикрытием с целью собрать данные, необходимые для проведения успешной операции по захвату страны Огня.

Аме

В стране Дождя продолжается гражданская война. Конан, Яхико и Нагато – трое подростков, которых Джирайя обучил нескольким нинджутсу, находясь в этих краях, используют все возможные способы, чтобы сберечь друг другу жизни в не пригодных для неё условиях. Но всё кардинально меняется после их, казалось бы, случайной встречи с незнакомцем, называющим себя Тоби.